La Chiesa di San Toma, del XIV secolo ad una sola navata e volta a botte su archetti ogivali, è situata in via Fanelli, nella zona omonima della parte del centro storico della città. Il retro della chiesetta coincide con le mura medievali della città.
I lavori di ristrutturazione hanno messo in luce sepolture risalenti alla fine del XVI-XVII secolo; una buca interrata, ai piedi del presbiterio, ha rivelato essere una gradinata di accesso alla presunta primitiva chiesa rupestre, trasformata in seguito in cripta funeraria.
La chiesa è aperta:
- in tutto il mese di maggio per venerare il quadro di Maria SS.ma della Scala, protettrice di Massafra, alle ore 16:30 per la recita santo rosario. (Il 31 maggio, a conclusione del mese mariano, subito dopo la recita del santo rosario, alle ore 17:00, vi è la Celebrazione Eucaristica).
- dall’ 8 dicembre al 6 gennaio per la visita dei Presepi.